Bactéries dans le côlon (microbiome) plus exception que règle dans la nature
L'une des critiques les plus courantes contre les idées de Peat que j'entends est que ses idées sur la pathogenicité des bactéries du côlon sont tout simplement fausses, et que posséder un microbiote vibrant est essentiel à une bonne santé. On m'a dit par des biologistes qu'apparemment, la présence d'un microbiote est la norme chez les mammifères et, sans lui, nous serions laissés sans système immunitaire – sans défense contre les méchants pathogènes qui nous entourent. Peu importe les récentes études exposant de telles vues comme peu plus que des pensées souhaitables. Comme l'explique l'article ci-dessous, une présence constante du microbiote est plus une singularité dans la nature qu'une règle. Même chez les espèces où il est présent, la relation symbiotique entre un hôte et son microbiote semble dépendre soit de l'alimentation, soit des bactéries effectuant une fonction vitale très spécifique et limitée dans le temps, sans laquelle l'animal ne peut survivre. Notre microbiote ne répond à aucune de ces exigences. Nous ne sommes pas herbivores, donc une raison majeure (selon les études discutées ci-dessous) d'avoir un microbiote est absente. Les bactéries dans notre intestin n'effectuent pas non plus de fonction vitale de survie, contrairement à d'autres espèces. Il y a eu de multiples études sur des humains avec des intestins stérilisés démontrant aucun effet négatif. Au contraire, des études récentes ont suggéré que la stérilisation intestinale peut traiter des maladies "incurables".
Ainsi, la totalité des preuves semble indiquer que les idées actuelles (fausses) sur le microbiote humain sont le résultat de la défense de quelques voix persistantes et bruyantes qui ont pollué la littérature scientifique dans les années 1960 et 1970 lorsque ce sujet commençait à émerger. En raison du fait qu'une minorité de scientifiques avaient le temps/les ressources pour s'y opposer, cette hypothèse "que les symbioses obligatoires, fixes et fonctionnelles étaient universelles" a progressivement été acceptée comme une vérité évidente dans l'esprit scientifique collectif. Intéressant, un processus très similaire (mais beaucoup plus autoritaire) a englouti la médecine au 20e siècle et a réussi à exclure complètement le rôle de l'environnement dans la santé humaine. La théorie dominante (fausse, encore une fois) qui a "gagné" grâce à la défense de partisans vocaux (et bien financés) était que les gènes étaient le début et la fin de l'histoire de la santé humaine. Comme il semble, les preuves d'une autre grande hypothèse liée à la physiologie humaine sont fausses/frauduleuses et doivent être écartées afin que la science puisse emprunter une voie plus véridique.
https://science.sciencemag.org/content/200/4346/1157
https://academic.oup.com/icb/article/57/4/705/4049474
https://mbio.asm.org/content/11/1/e02901-19
“…Pour rester en bonne santé, les humains et certains autres animaux dépendent d’une communauté complexe de bactéries dans leurs intestins. Mais des recherches commencent à montrer que ces partenariats pourraient être plus l’exception que la règle.”
“…Dans certaines de ces espèces de fourmis, il a vu « cette incroyable, dense, nuage compact. C’était comme une galaxie de microbes », a-t-il déclaré. « Ils explosaient dans vos yeux quand vous les regardiez » sous le microscope. C’est ce à quoi on pourrait s’attendre, étant donné l’étendue à laquelle nous et tant d’autres animaux dépendons des milliards de cellules bactériennes qui résident en nous — pour traiter les aliments que nous ne pouvons pas autrement digérer, pour fournir des nutriments clés, pour entraîner notre système immunitaire à agir efficacement contre les infections. Le microbiote est si crucial pour notre santé et notre survie que certains chercheurs trouvent même utile de penser aux animaux comme la somme de leurs parties microbiennes. Mais lorsque Sanders s’est tourné vers le reste des fourmis — environ deux tiers des différentes colonies et espèces qu’il avait collectées — il a été surpris de constater que « vous auriez du mal à trouver des cellules dans l’intestin que vous pourriez facilement identifier comme des bactéries », a-t-il déclaré. Nourriture, débris, cellules de la paroi intestinale des insectes — tout était présent. Des microbes qui pourraient être engagés dans les relations symbiotiques que nous tenons pour acquises — pas vraiment.”
“…Au début du 20e siècle, les biologistes ont commencé à découvrir des relations fascinantes entre les organismes complexes et leurs microbes : chez les vers tubicoles qui n’avaient ni bouche, ni anus ni intestin ; chez les termites qui se nourrissaient de plantes ligneuses et dures ; chez les vaches dont le régime à base d’herbe manquait significativement de protéines. De telles observations ont généré de l’excitation et ont suscité des expériences de suivi. À cette époque, **l’absence d’aides microbiennes chez un animal n’était pas considérée comme particulièrement surprenante ou intéressante, et elle recevait souvent peu plus qu’un simple hochement de tête dans la littérature. Même lorsqu’on pensait qu’elle méritait plus d’attention — comme dans un rapport de 1978 dans Science selon lequel de minuscules crustacés mangeurs de bois, contrairement aux termites, n’avaient pas de population stable de bactéries intestinales — cela est passé inaperçu. Et ainsi, les attentes ont commencé à se déplacer silencieusement vers une nouvelle norme, selon laquelle chaque animal avait une relation avec les bactéries sans laquelle il périrait. Quelques voix ont protesté contre cette simplification : dès 1953, Paul Buchner, l’un des fondateurs de la recherche sur la symbiose, a écrit avec exaspération sur la notion que les symbioses obligatoires, fixes et fonctionnelles étaient universelles. « Encore et encore, il y a eu des auteurs qui insistent sur le fait que l’endosymbiose est un principe élémentaire de tous les organismes », a-t-il fulminé. Mais les contre-exemples se sont noyés dans le flot d’études sur l’importance des symbioses hôte-microbes, en particulier celles qui établissaient des liens entre la santé humaine et notre propre microbiote.”
“Le microbiote humain a complètement influencé notre façon de penser sur la manière dont les microbes fonctionnent”, a déclaré Tobin Hammer, un chercheur postdoctoral en écologie et biologie évolutive à l’Université du Texas, Austin. “Et nous projetons souvent à partir de nous-mêmes vers l’extérieur.”
“…Une relation transitoire, presque inexistante avec les bactéries, c’est ce que Sanders a observé chez ses fourmis tropicales. Il a ramené ses échantillons dans son laboratoire (alors à l’Université Harvard, bien qu’il soit maintenant à Cornell), où il a séquencé l’ADN bactérien des insectes et quantifié le nombre de microbes présents. Les espèces de fourmis avec des microbiotes denses et spécialisés avaient environ 10 000 fois plus de bactéries dans leurs intestins que ce que Sanders a trouvé chez les nombreuses autres espèces qu’il avait capturées. En d’autres termes, Sanders a déclaré, si les fourmis étaient à l’échelle humaine, certaines porteraient une livre de microbes en elles (similaire à ce que les humains abritent), d’autres une quantité de la taille d’un grain de café. « C’est vraiment une différence profonde. »
Cette différence, rapportée dans Integrative & Comparative Biology en 2017, semblait être associée à l’alimentation : Les fourmis strictement herbivores vivant dans les arbres étaient plus susceptibles d’avoir un microbiote abondant, peut-être pour compenser leur régime pauvre en protéines ; les fourmis omnivores et carnivores vivant au sol consommaient des repas plus équilibrés et avaient des quantités négligeables de bactéries dans leur intestin. Pourtant, ce schéma était incohérent. Certaines des fourmis herbivores manquaient également de microbiote. Et les fourmis qui en avaient un ne semblaient pas avoir des associations répandues et prévisibles avec des espèces particulières de bactéries (bien que certains ensembles de microbes étaient communs à des genres individuels des insectes). Ce résultat marquait un écart clair par rapport aux microbiotes mammifères comme le nôtre, qui tendent à être très spécifiques à leurs hôtes.”
“..Des expériences répétées qui ont perturbé les populations microbiennes des papillons n’ont eu aucun effet sur la croissance ou le développement des hôtes. Ni la réintroduction des bactéries dans leurs intestins. « Vraiment », a déclaré Agashe, « ils ne semblent pas se soucier de leurs microbes du tout » — même si les papillons se nourrissent de plantes toxiques et semblent être des candidats parfaits pour un microbiote fonctionnel à part entière qui pourrait détoxifier leurs repas. Comme Hammer et Sanders, « au début, nous nous grattions la tête », a déclaré Agashe. « C’était un résultat surprenant, et en fait, cela nous a pris un certain temps pour nous en rendre compte. » Mais peut-être ne devrait-ce pas être si surprenant. Comme les scientifiques l’ont réalisé, quand les microbiotes sont présents, ils sont souvent trouvés dans des tissus spécifiques — et ils impliquent des bactéries spécifiques qui influencent des traits spécifiques à des moments spécifiques. Le calmar à queue courte, par exemple, a une symbiose qui est limitée à une seule espèce de bactéries lumineuses, qui est séquestrée dans un seul organe producteur de lumière tandis que l’intestin et la peau du calmar restent sans microbes. Les abeilles adultes ont des relations importantes avec leurs bactéries, mais les larves n’en ont pas. Il n’est donc pas si surprenant de penser qu’il pourrait y avoir des animaux qui n’ont pas de telles relations du tout, ou qui ont des relations qui jouent selon des règles différentes. « Je pense qu’il y a maintenant une prise de conscience croissante qu’il existe ce spectre de types d’associations que l’on pourrait trouver », a déclaré Agashe. Hammer était d’accord. « Nous ne faisons que commencer à entrevoir le sommet de l’iceberg », a-t-il déclaré.”
“…Même chez les humains, elle souligne que le microbiote (y compris les microbes transitoires) peut changer avec les modifications de l’alimentation ou du comportement. Étudier des systèmes vivants qui ne dépendent pas d’un microbiote stable pourrait aider les scientifiques à démêler les effets de ces changements. Cela pourrait également leur permettre de mieux cibler les coûts de l’avoir un microbiote et d’obtenir de nouvelles perspectives sur son évolution.”
“…Même parmi les mammifères, il y a une diversité dans la manière dont le microbiote se présente. Bien que la plupart des espèces de mammifères semblent s’associer de manière prévisible à des bactéries spécifiques, une récente étude de Sanders et de ses collègues a révélé que les chauves-souris ne le font pas. En fait, leurs microbiotes étaient plus transitoires et aléatoires — et ressemblaient beaucoup plus aux microbiotes des oiseaux qu’à ceux des autres mammifères. Les chercheurs pensent que cette différence pourrait être liée à un besoin évolutif à la fois pour les chauves-souris et les oiseaux d’être aussi légers que possible pour permettre le vol motorisé. Peut-être ne pouvaient-ils pas se permettre de transporter un bagage supplémentaire.”
“…“Nous devons garder les yeux et les oreilles ouverts”, a-t-il ajouté. « Il reste encore beaucoup à apprendre de la variation et de la diversité naturelles. »”